Главная синагога была построена в 1912 году по проекту главного городского архитектора А. Генриха на месте синагоги XIX века, уже не вмешавшей всех прихожан. Как и первая, она возводилась на средства купцов, потому второе название - Купеческая. Ее так же называли торговой из-за близости к рынку. В 1929 году, уже изрядно разрушенная после землетрясения 1927 года, синагога была закрыта, а в начале 30-х здание передали под склад евпаторийскому заводу безалкогольных напитков. Он перестроил его под свои нужды, и от творения Генриха мало что сохранилось. Для современной облицовки синагоги в 2009 году был использован розовый иерусалимский камень. Здание утратило свое религиозное и историческое значение. Однако сегодня концертная площадка перед синагогой - главное место проведения летних культурных мероприятий и фестиваля на улице Караимской.