Башня сохранилась на высоту более двух метров. Ее внешние стены сложены из крупных каменных тесаных блоков, которые называются квадрами. Такая кладка на сухую, без раствора применялась только греками. Следует обратить внимание на ее качество. Некоторые ее участки сложены довольно небрежно из плохо подобранных квадров. Это объясняется спешкой при строительстве во время военных действий и нехваткой  строительного материала. По предположению археологов, воины Диофанта могли доставлять квадры морем из Керкинитиды. Именно в то время были разобраны её стены.  Второй этаж башни был сложен из сырцового кирпича.
После смерти Митридата VI Евпатора в 63 г. до н.э. гарнизон оставил крепость и ее заняли скифы.
Скифский поселок располагался вокруг греческой башни, которую скифы приспособили для своих нужд. Центральный квартал поселка был окружен дополнительной стеной и представлял собой что-то вроде цитадели. Скифы строили свои дома из необработанного камня на глине и из сырцового кирпича. От них сохраняются, как правило, небольшие фрагменты каменных кладок и глиняные полы.
Но на греко-скифском городище Кара-Тобе есть уникальная возможность познакомиться с жилищем поздних скифов.  В  2002 г. здесь был построен объект экспериментальной археологии – реконструкция скифской усадьбы, которая является репликой типичного скифского дома конца I века до н.э. Она состоит из внутреннего дворика и двух помещений: жилого - для семьи и примыкающему к нему хозяйственного. Во внутреннем дворике можно познакомиться с устройством скифской зернотерки.
Музей древностей Северо-Западного Крыма разместился в помещениях бывшего объекта береговой обороны Черноморского флота, построенного после окончания Великой Отечественной войны. Это был пункт наблюдения, командования и связи, сооружение которого в этом месте не было случайным. С Кара-Тобе открывается прекрасный обзор всего Каламитского залива. В 50-ые годы прошлого века оборона побережья в этом месте осуществлялась следующим образом: вся акватория залива была пристреляна, а по железнодорожным веткам, проходящим по берегу залива, на боевую позицию мог выйти  бронепоезд и огнем своих орудий  уничтожить противника. В начале 1960-х годов объект потерял военное значение и был заброшен, однако с ним связаны многочисленные легенды о существовавших здесь подземных ходах.
В 2000 году на базе археологических раскопок Кара-Тобе был создан Международный центр экспериментальной археологии и инновационной педагогики «Кара-Тобе». Заброшенные помещения были капитально отремонтированы, проведена небольшая архитектурная реконструкция (на центральную и малую башни объекта были  «одеты» оригинальные короны с зубцами).
Большинство экспонатов музея составляют археологические находки из раскопа городища и скифского некрополя.  Это амфоры различных греческих центров, греческая столовая чернолаковая и краснолаковая посуда, рельефные чаши тонкой работы. Рядом представлена скифская посуда. В отличие от греческой, она выполнена грубо и плохо обожжена, так как скифы не использовали гончарный круг и лепили сосуды от руки. Кроме занятий земледелием и животноводством, скифы, жившие на Кара-Тобе, ловили рыбу и крабов, охотились на дельфинов, занимались производством гончарных изделий, выделкой шкур и ткачеством. Было у них даже небольшое металлургическое производство. Занятие ремеслами и промыслами подтверждают представленные в музее археологические находки: грузила для сетей, швейные иглы и ткацкие грузики, лощила, пряслица, железные шлаки и др.  В музейной экспозиции есть уникальные и редкие экспонаты. К ним относится античный гипсовый слепок с рельефного серебряного сосуда, по-видимому, принадлежащий римскому ювелиру. На городище найдено несколько таких слепков. Подобных находок в мире единицы.
По лестнице поднимаемся на второй этаж музея, стены которого украшены росписью. На одном из панно изображена крепость Евпаторий, как, предположительно, она могла выглядеть в античные времена. Художник показал центральную башню, жилые и хозяйственные постройки, а также развилку трех дорог. Они вели на Херсонес, Керкинитиду и Неаполь Скифский. Таким образом, крепость Евпаторий контролировала три магистральные дороги Северо-Западного Крыма и две песчаные пересыпи – Сакскую и Евпаторийскую, а также морской путь вдоль берегов Каламитского залива.  
Среди экспонатов второго этажа музея достаточно широко представлены женские украшения: бусы, серьги, кольца, перстни, амулеты, броши, браслеты и др.  Здесь же фрагменты терракотовых статуэток. Отдельный стенд посвящен вооружению скифских воинов. В экспозиции показаны наконечники стрел, копий, дротика и пр.